JabRef

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JabRef-Uebersicht

[de]JabRef ist eine Open-Source Literaturverwaltung. Kernfunktionen sind die Verwaltung von Literatur und die Bereitstellung dieser Informationen in einer BibTex-Datei für LaTeX-Nutzer.  Aber auch ohne LaTeX kann JabRef herrvorragende Dienste leisten, zumindest wenn man seine Literatur plattform- und herstellerunabhängig verwalten möchte.[/de]

[en]JabRef is a literature administration. Features are the administration of literature and the supply of this information in an BibTex-file for LaTeX user. But Jabref can also be quite valuable without LaTeX, at least if you want to administer your literature independent of the platform and the prducer[/en].[de]Mittlerweile kenne ich einige Leute, die zwar mit einer Datenbank eines Verwaltungsprogramms, zum Beispiel aus ihrer Dissertation, aber ohne Lizenz für die entsprechende Software dastehen. Klassische Form von Datengrab. Natürlich bietet JabRef auch einen Importer für viele Literaturverwaltungsprogramme, leider funktionieren die bislang häufig nicht perfekt – nicht nur die Schuld von JabRef – und es muss häufig noch viel Handarbeit hineingesteckt werden. Also, vielleicht lieber gleich zu JabRef greifen.

Der Ablauf für die Verwaltung der Literatur sieht ja häufig ähnlich aus, man sucht zu einem Thema, überführt die relevante Informationen zu den gefundenen Dokumenten in sein Verwaltungsprogramm und hängt – sofern vorhanden – die elektronischen Dokumente dazu und vielleicht ergänzt man den Eintrag noch um individuelle Anmerkungen. Heutzutage greift man ja meistens auf Online-Datenbanken zu, zu einigen davon hat JabRef direkten Zugang oder bietet zumindest einen Import einer Datei mit ausgewählten und exportierten Datensätzen aus einer Onlinedatenbank. Vorteil ist, man muss einen gehörigen Teil an Informationen nicht mehr fehlerträchtig von Hand eingeben. Sehr schön dann die Integration von elektronisch vorliegenden Dokumenten: man kann mehrere Dokumente zu einem Eintrag hinterlegen und diese direkt aus JabRef zum Betrachten öffnen.

Standardfunktionen, wie Bearbeiten, Suchen und Anzeigen von Einträgen sind natürlich gegeben, und werden durch weitere Funktionen, wie Keywords oder Gruppierungsfunktionen ergänzt, um die Sammlung besser zu strukturieren. Eigene Datenbankfelder sind schnell definiert, um zum Beispiel Standorte oder Bibliothekssignaturen zu hinterlegen. Neben dem Import kennzeichnet eine gute Literaturverwaltung natürlich auch gute Exportmöglichkeiten, damit bei Bedarf mit anderer Software weitergearbeitet werden kann oder aber, um die Sammlung anderen zur Verfügung stellen zu können. Ein eleganter Weg ist die Variante, per HTML-Export die gesammelte Literatur so zu veröffentlichen, dass sie entweder auf einem Webserver oder als Datei zur Verfügung steht, mit geringem Aufwand auch inklusive der elektronisch vorliegenden Dokumente.

Schöne Beispiele gibt es hierfür auf der Webseite von Mark Schenk.  Besonders die durchsuchbare Variante macht schon was her, und kann mit etwas Einarbeitung an die im jeweiligen Fachgebiet üblichen Formatierungs-Stile angepasst werden. Meine Erfahrung auch für Artikel ist, dass so ein HTML-Export leichter zu konfigurieren ist als das RTF-Format, und dass dieser Export leicht per Copy&Paste auch in MS-Word verwendet werden kann.

Eine Anbindung an verschiedene Texteditoren ist vorhanden, hauptsächlich für LaTeX-Nutzer. Es gibt erste Schritte, um JabRef mit OpenOffice zu verbinden, aber dies erreicht meines Wissens nach zur Zeit noch nicht den Komfort und die Zuverlässigkeit  komerzieller Alternativen. Fairerweise muss man dabei aber immer betonen, dass dies auch kein Hauptziel von JabRef ist. Für MS-Word-Nutzer ist eventuell Bibtex4Word eine passende Option, zu der ich aus Mangel an Interesse an Microsoft-Produkten leider nichts an Erkenntnissen hinzufügen kann.

Vorteile von JabRef sind  die vielen Möglichkeiten, die dieses Programm bietet, die Anpassungsmöglichkeiten und dass man zu jedem Zeitpunkt Herr seiner gesammelten Informationen zur Literatur ist - im Notfall kann man diese Datei mit einem Texteditor lesen und bearbeiten. Nachteilig ist, dass es funktionsmäßig in manchen Bereichen nicht ganz so ausgereift ist wie die komerzielle Konkurrenz. Ein Grund dabei ist sicherlich, dass der Fokus nicht so stark auf MS-Word und Open-/LibreOffice liegt, und viele Vorteile erst in Kombination mit LaTeX ausgespielt werden können.

Wer noch nicht genug an Informationen hat, hier zum Schluss ein kurzes Beispiel, wie ein Literaturrecherche mit JabRef vonstatten gehen könnte (und NEIN, dies genügt nicht den Kriterien eines systematischen Reviews…) Der Jahreszeit entsprechend habe ich mal von JabRef aus nach “Christmas” in PubMed gesucht und und eine kleine Auswahl in die JabRef-Datei überführt.

Jede dieser importierten Datensätze hat einen eindeutigen BibTex-Key bekommen, der ist in meinem Fall so konfiguriert, dass die ersten zwei Autoren, die Abkürzung des Journals und das Jahr verwendet wird. Denkbar sind natürlich viele andere Varianten, JabRef kann diese Schlüssel sogar in Abhängigkeit vom Typ der Literatur unterschiedlich generieren, die Hilfe gibt da kompetente Auskunft. Für den Beispieldatensatz besitze ich für ein Dokument eine -fiktive- elektronische Version und sogar ein Supplement. Ziehe ich diese Dokumente nun auf die Eintragszeile, bietet mir JabRef freundlicherweise sofort an, die Datei -die üblicherweise irgendeinen komischen Dateinamen hat- zum einen in das Dokumentenverzeichnis zu verschieben (kleiner Tipp: unter Datei→Eigenschaften der Datei→Dateiverzeichnis einfach nur “.” oder z.B. “./dokumente” angeben, dann verwendet er das Verzeichnis in dem auch eure JabRef-Datei gespeichert ist bzw. das vorher bitte angelegte Unterverzeichnis “dokumente”) und dem BibTeX-Key entsprechend umzubenennen. Und schon ist das Dokument ordentlich benannt und wegsortiert. Hat man noch das Supplement, beschreitet man den gleichen Weg, ergänzt den vorgeschlagengen Dateinamen noch um eine sinnvolle Bezeichnung und fertig. Nun kann man entweder unter dem Reiter General→File diese Verlinkung überprüfen oder die Dateien öffnen. Noch schneller geht es aber einfach in der Eintragsübersicht per rechtem Mausklick auf das PDF-Symbol, hier listet er dann alle mit dem Eintrag verknüpften Dokumente auf. Mit der linken Maustaste könnte direkt der erste Eintrag geöffnet werden. Und das kann man jetzt solange weitermachen, bis man den Eindruck hat, dass das reine Sammeln irgendwie nicht alleiniger Zweck ist und man jetzt doch mal auch mit dem Lesen beginnen sollte…[/de]

[en] I know some people, who do have a database of a administration programs (e.g. of their dissertation), but don´t have a licence for the corresponding software. Classical data tomb! JabRef is of course offering an importer for several literature administrations, but often they don´t run perfectly - which isn´t just JabRebs fault - und lots of manual work has to be invested. So, just start with JabRef from the beginning.

Administration of literature often follows the same procedure, you search for a special topic, transfer the relevant information to the found dokuments in the administration program and - as long as you have some- add the electronical dokuments and maybe even add some individual comments. Today, you usually access on online data banks and JabRef has a direkt approach to some of them or at least offers an import of a file with chosen and exported datafiles from a data bank . The advantage is, that you don´t have to type in the information by hand (error-prone!). Very nice is the integration of your electronical documents: you can deposit several documents to one entry und for viewing them open all of them directly with JabRef.

Standard features, such as editing, searching and displaying of entrys are of course possible and are completed by other features like keywords oder group features, to have a better structure of the collection. Your own data bank fields are defined very easily to lodge locations or librabry signatures. Not only the import, but good opportunities for an export label a good literature administration, so that if you want to, you can work with other softwares or share your collection with others. The elegant way of doing so is to publicate the collected literature via HTML-Export, so that it´s available on a webserver or as a file. And only with just a little bit more effort it includes the electronical available documents as well.

Some nice examples you can see here, on the Webseite von Mark Schenk.  Especially the durchsuchbare Variante is quite good and can be adjusted to the formatting style that is used in your department. According to my experience with articles, such a HTML-export ist easier to perform than the RTF-format, and the export can be used easily per copy&paste in MS-Word.

There is a connection to differet texteditors, mainly for LaTeX-user. First steps to connect JabRef with Open Office do exist, but the comfort and reliability is not as good as with commercial alternatives. Fair enough, you have to stress that this is not the aim of JabRef. A possible option for MS-word user might be  Bibtex4Word, but due to my lack of interest according to Microsoft products I can´t give any information here.

The advantages of JabRef are the many features, the adaptability and that you are the master of your literature information all the time - you could read and edit this file by using a texteditor.

The disadvantage is its lack of features compared with the comercial competition. One of the reasons might be the nonexisting focus of MS-word and Open-/LibreOffice and some advantages could only be used in combination with LaTeX

If you still are missing some information, I will show you a quick example, how a search for literature might work with JabRef (and NO, this is not propper according to the criteria of systematic reviews…). Inspired by the season, I searched for “christmas” in PubMed and transfered some of the results in a JabRef file.

Each of the imported files got a unique BibTex-Key, in my case it is configured so that the first two authors, the abbreviation of the journal und the year is used. There are lots of other possible  alternatives, JabRef can even generate a key depending on the type of the literature, you get good advise by the help function for that.

For the file in my example I own a -fictive- electronical version and even a supplement for my documents. If I drag these documents to the entryline, JabRef offers me immediately to transfer the file (usually with some funny name) in the register of my documents and to rename it according to my BibTeX-key. And already, the document ist namend and proper ordered. If you still have the supplement, take the same way and add the offered dataname by some reasonable labelling and finished.

Now you can proof the link by opening the file or by using the rider General→File. It is even faster with a right mouseclick on the pdf-symbol, now all the with the enty connected documents are opened. Using the left mouseclik, the first entry will be opened.

And now you can go on like that till you are under the impression that the pure collection can´t be the intention of all that and that you should start reading eventually…[/en]

The world is flat F(1,18) = 39.200; p = .335 - or p < .01 or p <.001? - Check your stats!

A reviewers dream has come true. The new __statcheck__-package for [R](r-project.org) automagically checks the accurate __reporting__ of ...… Continue reading

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